Te hablo desde mi punto de vista:
Yo me he visto el anime (el manga, me espero a que lo saquen para ello), pero en mi opinión, la animación es genial.
Te aconsejo el anime, pues tiene mucho más color y para una historia como la de Madoka Magica, te aconsejaría sin duda que lo vieras. Tras eso, podrías leer el manga y opinar acerca de las diferencias que hay entre ambos.
Aunque si eres más de leer, puedes leer el manga (que además, es cortito) y luego ver el anime.
Yo apoyo la idea de verse el anime, pues es muy entretenido y la OST es fantástica.
Eso si, si lo ves, mejor verlo en Blu-Ray que está muchísimo más mejorado que la emitida en TV.